Pierwszym osadnikiem polskim przybyłym do Mrzeżyna był Czesław Kuliberda, z zawodu rybak. Główną działalnością portową była działalność rybacka. W 1958 roku rybacy z Mrzeżyna założyli własną spółdzielnię o nazwie Rega.
W 1964 r. Minister Żeglugi formalnie ustalił granice portu morskiego w Mrzeżynie. Port podlegał pod Urząd Morski w Szczecinie.
Pod koniec lat 60-tych przeprowadzono przebudowę portu, zmieniając ukształtowanie główek. Tor podejścia skierowano na wschód. Podobne ukształtowanie wejścia do portu znajduje się we Władysławowie.
Tak usytuowane wejście do portu powodowało intensywne odkładanie mielizn tuż przy główkach falochronu. Port w Mrzeżynie stał się niebezpieczny dla rybaków i żeglarzy.
