Początki – Port Świętego Spokoju
Początki portu sięgają 1457 roku, kiedy to trzebiatowianie przy współpracy klasztoru z Białoboków przekopali nowe, skrócone koryto rzeki Regi (z pominięciem jeziora Resko Przymorskie) w okolicy dzisiejszego Mrzeżyna. Inwestycję podjęto po wieloletnim konflikcie z Gryficami, o prawo żeglugi na rzece Redze oraz po starciu zbrojnym z Kołobrzegiem. Silniejsze miasto zablokowało port Regoujście, z którego wcześniej korzystali trzebiatowscy kupcy.
Nowy port zbudowano dla „świętego spokoju”, ale też silnie umocniono. Odsłonięte w 1861 resztki starych falochronów świadczą o tym, że mrzeżyński port w czasach świetności był o dwie stopy dłuższy od portu kołobrzeskiego. Port zyskiwał, bądź tracił na znaczeniu zmagając się z zapiaszczeniem główek portowych. W 1712 roku dziewięciu trzebiatowskich kupców posiadało własne statki. Na przełomie wieku XVIII i XIX istniała w Mrzeżynie stocznia, w której wybudowano, między innymi żaglowiec Marie Charlotte (1781 r) oraz galeon Atalanta (1802 r.).
W drugiej połowie XIX wieku mrzeżyński port oraz osada zostały niemal całkowicie zniszczone przez silne sztormy, które wdarły się głęboko w ląd. Wiek XIX i początek wieku XX to okres zwiększającej się popularności Mrzeżyna jako kurortu, ale bez znaczenia dla rozwoju portu.
Czasy powojenne
Pierwszym osadnikiem polskim przybyłym do Mrzeżyna był Czesław Kuliberda, z zawodu rybak. Główną działalnością portową była działalność rybacka. W 1958 roku rybacy z Mrzeżyna założyli własną spółdzielnię o nazwie Rega.
W 1964 r. Minister Żeglugi formalnie ustalił granice portu morskiego w Mrzeżynie. Port podlegał pod Urząd Morski w Szczecinie.
Pod koniec lat 60-tych przeprowadzono przebudowę portu, zmieniając ukształtowanie główek. Tor podejścia skierowano na wschód. Podobne ukształtowanie wejścia do portu znajduje się we Władysławowie.
Tak usytuowane wejście do portu powodowało intensywne odkładanie mielizn tuż przy główkach falochronu. Port w Mrzeżynie stał się niebezpieczny dla rybaków i żeglarzy.
Czasy obecne – modernizacja portu
1 lipca 2007 roku powołano „Zarząd Portu Morskiego Mrzeżyno”, będący jednostką budżetową gminy Trzebiatów. Celem ZPM było, między innymi przeprowadzenie remontów infrastruktury portowej, przygotowanie portu do bezpiecznej żeglugi turystycznej.
W latach 2013–2015 dokonano modernizacji modernizowano nabrzeża portowe o łącznej długości 429 m, które wyposażono w punkty poboru wody i energii elektrycznej. Wybudowane zostały: basen remontowy wraz z budynkiem warsztatowym i slipem do obsługi jednostek rybackich stacjonujących w porcie, budynek bezpośredniej sprzedaży ryb z magazynem, chłodnią i wytwornicą lodu. Przebudowano drogi, place, kanalizację sanitarną, kanalizację deszczową, sieci energetyczne i sieci wodociągowe. Wybudowane zostały punkty zdawania wód zaolejonych i ścieków komunalnych z jednostek rybackich, a także obiekt administracyjny portu. Koszt inwestycji miał wynosić 40 mln zł, przy dofinansowaniu z Unii Europejskiej w wysokości 31 mln zł.